Laboratoř

Nabízíme zpracování zakázek v oblasti molekulární biologie, využívajících libovolnou kombinaci níže uvedených a príbuzných metod.

Izolace a príprava vzorku

• izolace a purifikace DNA, RNA, miRNA a proteinu 
• využití úcinných a specifických homogenizacních technik, prístroju a reagencí 
• provedení kontroly kvality izolovaných biopolymeru na Nanodropu, Bioanalyzéru, elektroforéze atd.
• klonování libovolného úseku DNA do plazmidového vektoru
• príprava cDNA knihoven z ruzných organismu
• zpracování vzorku pro Sangerovo sekvenování

Profilování genové exprese (transkriptomu) a genomu pomocí sekvenování nové generace (NGS)

1. sekvenování na platforme Illumina (HiSeq 2000), základní prehled všech komercne nabízených služeb: bgi-international.com pro prípravu vzorku na NGS sekvenování nabízíme také implementaci technologie target capture od spolecnosti IDT
2. technologie umožnuje selekci libovolných oblastí genomu (výrazné snížení doby sekvenování a predevším ceny), dochází k znacnému zvýšení pokrytí (coverage), které u nabohacených vzorku vždy výrazne presahuje 100x, tedy úroven hlubokého sekvenování
   konstrukce NGS knihoven vycházející z ruzných prístupu NGS kitu

Profilování genové exprese a genomu pomocí mikroerejí a real-time PCR

• príprava, barvení a hybridizace vzorku RNA, miRNA a DNA na mikroerejové platforme Agilent 
• výber ze všech oblíbených typu erejí 
• expresní (mRNA i miRNA a další ncRNA), CGH, SNP, CNV, i na DNA metylaci 
• 9500 Kc je prumerná cena za vzorek (jedno erejové pole) až k extrakci hrubých dat, vcetne semi-automatizované normalizace zprostredkované skenovacím softwarem 
• hlubší analýza v statistickém softwaru R dle predstavy zákazníka se zpracovává po dohode 
• vývoj a výroba souprav k merení exprese mRNA a miRNA (založených na technologii SYBR Green)
• vývoj a výroba soupravy k syntéze cDNA, overení pomocí qPCR 
• zprostredkování komplexních služeb pro detekci genové exprese metodou qPCR 
• vývoj, optimalizace a výroba destickových qPCR erejí

Analýza dat a bioinformatika 

• od jednoduchého spojování qPCR behu do jednoho datasetu až po klinické studie na rozsáhlých mikroerejových datových souborech, s testováním komplexních hypotéz a rešením problému korekce mnohonásobného porovnání 
  detekce diferenciální genové exprese, detekce zmen poctu kopií genomových lokusu, detekce biomarkeru, detekce epigenetických zmen 
• maximální využití webových bioinformatických databází a nástroju UCSC, ENSEMBL, NCBI, BIOMART, ENCODE, dbSNP, GO DB, KEGG DB, OMIM, PharmGKB, miRBase, PUBMED, SCOPUS, PRIMER-BLAST, OLIGO-BLAST atd.
• tvorba zákaznických softwaru

Regulace genové exprese:

• ChIP-qPCR, ChIP-chip, ChIP-NGS, MeDIP

Genotypování pomocí techologií TaqMan, HRM a technik spojených s agarozovou elforézou

• detekce nukleotidových zámen a indelu
• skenování celých amplikonu pomocí skenovací vysokorozlišovací analýzy krivek tání (HRM) 
• genotypování menšího poctu konkrétních alel na desítkách až stovkách (klinických) vzorku 
• vývoj, výroba i servis testu založených na skenovací a genotypovací HRM 
• overení Sangerovou sekvenací