Laboratoř

Nabízíme zpracování zakázek v oblasti molekulární biologie, využívajících libovolnou kombinaci níže uvedených a príbuzných metod.

Izolace a příprava vzorku

• izolace a purifikace DNA, RNA, miRNA a proteinu 
• využití úcinných a specifických homogenizacních technik, prístroju a reagencí 
• provedení kontroly kvality izolovaných biopolymeru na Nanodropu, Bioanalyzéru, elektroforéze atd.
• klonování libovolného úseku DNA do plazmidového vektoru
• príprava cDNA knihoven z ruzných organismu
• zpracování vzorku pro Sangerovo sekvenování

Profilování genové exprese (transkriptomu) a genomu pomocí sekvenování nové generace (NGS)

1. sekvenování na platforme Illumina (HiSeq 2000), základní prehled všech komercne nabízených služeb: bgi-international.com pro prípravu vzorku na NGS sekvenování nabízíme také implementaci technologie target capture od spolecnosti IDT
2. technologie umožnuje selekci libovolných oblastí genomu (výrazné snížení doby sekvenování a predevším ceny), dochází k znacnému zvýšení pokrytí (coverage), které u nabohacených vzorku vždy výrazne presahuje 100x, tedy úroven hlubokého sekvenování
   konstrukce NGS knihoven vycházející z ruzných prístupu NGS kitu

Profilování genové exprese a genomu pomocí mikroerejí a real-time PCR

• príprava, barvení a hybridizace vzorku RNA, miRNA a DNA na mikroerejové platforme Agilent 
• výber ze všech oblíbených typu erejí 
• expresní (mRNA i miRNA a další ncRNA), CGH, SNP, CNV, i na DNA metylaci 
• 9500 Kc je prumerná cena za vzorek (jedno erejové pole) až k extrakci hrubých dat, vcetne semi-automatizované normalizace zprostredkované skenovacím softwarem 
• hlubší analýza v statistickém softwaru R dle predstavy zákazníka se zpracovává po dohode 
• vývoj a výroba souprav k merení exprese mRNA a miRNA (založených na technologii SYBR Green)
• vývoj a výroba soupravy k syntéze cDNA, overení pomocí qPCR 
• zprostredkování komplexních služeb pro detekci genové exprese metodou qPCR 
• vývoj, optimalizace a výroba destickových qPCR erejí

Analýza dat a bioinformatika 

• od jednoduchého spojování qPCR behu do jednoho datasetu až po klinické studie na rozsáhlých mikroerejových datových souborech, s testováním komplexních hypotéz a rešením problému korekce mnohonásobného porovnání 
  detekce diferenciální genové exprese, detekce zmen poctu kopií genomových lokusu, detekce biomarkeru, detekce epigenetických zmen 
• maximální využití webových bioinformatických databází a nástroju UCSC, ENSEMBL, NCBI, BIOMART, ENCODE, dbSNP, GO DB, KEGG DB, OMIM, PharmGKB, miRBase, PUBMED, SCOPUS, PRIMER-BLAST, OLIGO-BLAST atd.
• tvorba zákaznických softwaru
• Bioinformatické služby na míru Vašemu výzkumu: 
  Analýza DNA sekvenačních dat (DNA-seq) - Nabízíme kompletní zpracování DNA sekvenačních dat od fastq souborů až po vcf soubory, jak pro účely detekce germinálních variant/mutací spojených s dědičnými onemocněními tak pro účely detekce somatických mutací spojených se vznikem nádorových onemocnění. Používáme “state of the art software” s nejvyšší dosažitelnou přesností jako je DRAGEN-GATK nebo mutect2, ale jsme schopni sestavit “workflow” pro zpracování dat přesně podle požadavků zákazníka.
  Nabízíme i následené filtrační anlýzy s cílem identifikace kauzálních variant pro zkoumané dědičné onemocnění nebo tzv. “driver” mutací zodpovědných za nádorové onemocnění. 
  Specializujeme se na asociační analýzy, které mají za cíl, identifikaci variant/mutací asociovaných s kohortou probandů sdílejících dědičné onemocnění nebo obecněji libovolnou fenotypovou vlastnost o které předpokládáme, že má genetickou podstatu.
   
  Analýza RNA sekvenačních dat (RNA-seq) - Nabízíme kompletní zpracování RNA-seq  dat včetně kontroly kvality a analýzy diferenciální exprese. Součástí výstupu základní analýzy je souhrnný report analýzy kvality, tabulka diferenciálně exprimovaných genů, heat-mapa specifikovaná zákazníkem a pathway-enrichment analýza diferenciálně exprimovaných genů.
  Dále nabízíme rozšířené analýzy, např. identifikaci biomarkerů s pomocí “machine-learning” metod, analýzu klastrů genů s korelovanou expresí, identifikaci diferenciálně aktivovaných signálních drah, ale i detekci genomických variant v RNA-seq datech. Jsme schopni aplikovat/implementovat libovolnou metodu specifikovanou zákazníkem.
   
  Integrace různých typů “omics” dat - Nabízíme integrační analýzy proteomických, RNA-seq/microarray gene expression, DNAseq a metabolomických dat. Integrace různých typů “omic” dat umožnǔje např. korelovat abundanci enzymů s abundancí metabolitů, asociovat přítomnost germinálních/somatických mutací se změnou exprese skupin genů nebo identifikovat proteiny, jejichž diferenciální abundance je dána jinými regulačními mechanismy než je zvýšená exprese. Díky integraci různých typů dat je možno učinit robustnější závěry a formulovat konkrétnější hypotézy. V případě zájmu jsme schopni vyvinout unikátní bioinformatickou metodu přesně na míru zákazníkem formulované hypotézy.

Regulace genové exprese:

• ChIP-qPCR, ChIP-chip, ChIP-NGS, MeDIP

Genotypování pomocí techologií TaqMan, HRM a technik spojených s agarozovou elforézou

• detekce nukleotidových zámen a indelu
• skenování celých amplikonu pomocí skenovací vysokorozlišovací analýzy krivek tání (HRM) 
• genotypování menšího poctu konkrétních alel na desítkách až stovkách (klinických) vzorku 
• vývoj, výroba i servis testu založených na skenovací a genotypovací HRM 
• overení Sangerovou sekvenací